Die moderne Schulmedizin sieht Symptome und bekämpft sie. Bei einem Patienten mit einem Hautekzem zum Beispiel mit Antibiotika oder Kortison.

Die Homöopathie geht die Krankheit anders an: Sie geht vor allem bei chronischen oder immer wiederkehrenden Erkrankungen davon aus, dass der Hautausschlag (oder die Kopfschmerzen, oder das Rückleiden usw.) nur die Spitze eines Eisbergs ist. Die zugrundeliegende Ursache, muss erkannt und behandelt werden um eine vollständige Heilung zu erzielen. Die Homöopathie will die Erkrankung nicht nur oberflächlich behandeln sondern sie an der Wurzel „packen“ und so die Balance im Körper wieder herstellen, denn sonst kehren die Symptome, wie der Hautausschlag zurück, da die Grundursache des Problems nicht behandelt wurde. Und der Patient wäre noch lange nicht geheilt, sondern nur kurzfristig von Krankheitssymptomen befreit.

Ein weiterer Unterschied ist die Auswahl der Arznei: In der Schulmedizin gibt es eine kollektive Diagnose für eine bestimmte Krankheit bei vielen unterschiedlichen Menschen. Jeder bekommt bei der gleichen Erkrankung das gleiche Medikament (z.B.: bei Hautauschlägen Antibiotika, bei Schmerzen Schmerzmittel,..)

In der Homöopathie dagegen wird die Arznei nicht aufgrund der Diagnose bestimmt, sondern nach der Art der Symptome. Da nicht jeder Patient die gleichen Symptome hat, braucht jeder Patient, trotz gleicher Diagnose, eine andere Arznei, die nach der Ähnlichkeitsregel ausgesucht wird. So ist es wahrscheinlich, dass fünf Patienten mit Husten fünf verschiedene homöopathische Mittel bekommen.